Pulau Ambon merupakan wilayah kepulauan yang memiliki karakteristik biofisik dan lingkungan yang kompleks. Kondisi geologi, geomorfologi, topografi, tanah, iklim, hidrologi, vegetasi, serta ekosistem pesisir dan laut saling berinteraksi membentuk suatu sistem lingkungan yang dinamis. Sebagian besar wilayah Pulau Ambon memiliki topografi berbukit hingga bergunung dengan kemiringan lereng yang cukup tinggi. Kondisi tersebut, ditambah curah hujan yang relatif tinggi, meningkatkan potensi erosi tanah, longsor, dan degradasi lahan, terutama pada wilayah yang mengalami perubahan tutupan lahan.
Ketersediaan lahan yang terbatas menjadi tantangan penting bagi perkembangan permukiman, pertanian, infrastruktur, dan kegiatan ekonomi. Pertumbuhan penduduk dan perluasan kawasan terbangun dapat menyebabkan konversi vegetasi dan lahan produktif, meningkatkan limpasan permukaan, serta mengurangi kemampuan tanah dalam menyerap air. Kondisi ini berpotensi memperbesar risiko banjir dan menurunkan kualitas lingkungan.
Pulau Ambon juga menghadapi tantangan dalam pengelolaan sumber daya air. Perubahan penggunaan lahan, pencemaran, dan tekanan terhadap sumber air dapat memengaruhi ketersediaan serta kualitas air bagi masyarakat. Di wilayah pesisir, tekanan berasal dari sedimentasi, limbah domestik, aktivitas permukiman, pelabuhan, serta kegiatan perikanan dan pariwisata yang dapat memengaruhi ekosistem mangrove, lamun, dan terumbu karang.
Perubahan iklim semakin memperbesar tantangan tersebut melalui peningkatan suhu, perubahan pola curah hujan, kenaikan muka laut, dan peningkatan risiko bencana hidrometeorologi. Oleh karena itu, pengelolaan Pulau Ambon memerlukan pendekatan terpadu yang menggabungkan konservasi lingkungan, pemanfaatan ruang berbasis daya dukung dan daya tampung, pengelolaan sumber daya alam berkelanjutan, serta peningkatan kapasitas masyarakat dalam menghadapi perubahan lingkungan.